ГенТех

База данных проекта "Генетические технологии в птицеводстве"

Генетические технологии для оценки потенциала модификации генома в птицеводстве. Расшифровка и аннотация генома кур позволяет методами генной инженерии улучшать свойства пород. Проект выполняется в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий.

Скачать » Документация »

Общий подход

Для редактирования генома с целью улучшения свойств пород требуется определить целевые точки в геноме ответственные за изменяемый признак. Для этого создается и исследуется ресурсная популяция кур дивергентные по целевому признаку. С целью увеличения скорости роста кур была исследована ресурсная популяцию кур F2, полученная скрещиванием пород Корниш и Русской Белоснежки, и имеющая высокое разнообразие по признаку скорости роста.

Геномы F2 гибридов

Расшифрованы геномы F2 гибридов пород Русская Белоснежка и Корниш. Выявлены геномные локусы связанные со скоростью роста цыплят. Изменения в этих локусах может увеличить скорость роста.

Скачать » Просмотреть в геномном браузере »

Геном породы кур Русская Белоснежка

Нами впервые расшифрован геном кур породы Русская Белоснежка. Русская белая выведена в СССР на основе скрещивания породы белый леггорн с местными курами. Работа по созданию породы была начата в 1929 году, утверждена порода в 1953 году. В последствии, отбором на устойчивость к пониженным температурам в первые дни и высокую яйценоскость была выведена порода Русская Белоснежка. Цыплята этой породы могут успешно переносить температурный режим на 8—10 градусов ниже нормы, а также многие болезни. Кроме того, в результате действия рецессивного гена 25 % суточных цыплят популяции имеют совершенно белую (а не жёлтую) окраску пуха, откуда и название «русская белоснежка».

Скачать » Просмотреть в геномном браузере »

Транскриптом F2 гибридов

Идентифицированы гены и измерена их экспрессия в мозге, сердце, почке, печени, груди и ногах методом CAGE-seq. Изучение транскриптома позволило выявить конкретные нуклеотиды в геномных локусах ассоциированных со скоростью роста и предположить механизм их действия.

Скачать » Просмотреть в геномном браузере »

Моделирование метаболизма

Транскриптомные данные были интегрированы в метаболическую модель iES1300. Анализ этой модели позволил выявить реакции связанные со скоростью роста. Редактирование генов учавствующих в выявленных реакциях является перспективным направлением для увеличения скорости роста кур.

Скачать »

Целевые гены

Интегрируя экспериментальные данные разных типов были найдены гены наиболее подходящие для геномного редактирования с целью увеличения скорости роста кур. Список обновляется по мере поступления новых данных.

  • Гены выявленные при совместном анализе геномов и транскритомов F2 поколения.
    Скачать »

  • Гены выявленные на основе анализа дифференциальной экспрессии.
    Скачать »

  • Гены выявленные на основе моделирования метаболизма.
    Скачать »

Геном кур породы Белый Ломан

Кросс кур Белый Ломан относится к яичным породам и широко используется в сельском хозяйстве. Определение последовательности генома является основой для многих молекулярно-генетический исследований. Нами был секвенирован геном кур породы Белый Ломан.

Скачать » Просмотреть в геномном браузере »

Транскриптом кур породы Белый Ломан

Нами были экспериментально идентифицированы старты транскрипции в геноме кур породы Белый Ломан и определен их уровень экспрессии в различных тканях организма метом CAGE-seq. А также были восстановлены структуры генов и определен их уровень экспрессии в различных тканях кур породы Белый Ломан методом RNA-seq.